我们体内的身神是怎样分布的呢？有什么样的秩序？从哪里来的？应该如何存想修行？
《上清经》具体提出了《黄庭经》记载的“百节皆有神”的神灵，而且以《上清大洞真经三十九章》为中心，记载了人们体内身神的名号系统。里边包涵身神的分布与秩序，存想的具体原则和方法等等。
守一思想是上清存思道法的重要来源。守一的思想成为上清派存思道法的重要组成部分，和《上清经》身神观念和存思道法的基本原则。
《上清大洞真经》对“一”的尊崇主要体现在“帝一尊君”的神格上面，
《大洞金华玉经》说：“夫一者，帝之真一也。一之所变，归一者也。”
其所言“帝”即是帝一尊君。所以，在《上清大洞真经》中，帝一是身神最后化归的对象，也是某些身神化生的源头。
上清经书认为身神主要是由道气变化而来。
《上清九丹上化胎精中记经》：“天地交运，二象合真，阴阳降气，上应九玄，流丹九转，结气为精，精化成神，神变成人。故人象天地，气法自然。自然之气，皆九天之精，化为人身。”
“阳气赤，名曰玄丹。阴气黄，名曰黄精。阴阳交，二气降，精化神结，上应九天。九天之气则下布丹田，与精合凝，结会命门，要须九过，是为九丹，上化下凝，以成于人。一月受气，二月受灵，三月含变，四月凝精，五月体首具，六月化形，七月神位布，八月九孔明，九月九天气普，乃有音声，十月司命勒籍，受命而生。故人禀九天之气，阴阳之精，名日九丹，合成人身。”
上清经书认为身中神灵由九天之气结精而成，魂魄是在受胎过程中由人体所禀受的精气直接转化而来，其余脏腑神灵等体内大神则从司命或太一受召而入镇体内。
由禀受天地精气转化而来的三魂七魄和从司命受召而来的身中百神，其组合仍遵从基本的三元架构。
《洞真太上道君元丹上经》说：“身中宫府，神室处所，百八十宫，三百六十关节，千二百孔，万二千精光，三万六千神主。至尊所居，玄圣所在，三魂七魄，十二形影，万音响应。故使阴阳之数，历备三元，头为天元，心为中元，肾为下元，并三万六千神主所治，名日三元微妙，分别左右。”
《上清经》身神的三元架构又呈现为两种不同的组合模式。一种是承袭《灵宝五符序》和《黄庭内景经》而来的“三部八景二十四真”模式。“三部八景二十四真”序列的身神组合所依据的原理是自先秦以来最为传统的空间划分方式，是为“一三八”的组合方式。
《洞真太上八道命籍经》记载：“太上大道，炁周十方，人之动静，在八而已。四面四维，隶上属下，下方上方，摄统乎八。八卦正神，施行八炁，太一为主，三元流通。”
另一种组合模式则是《大洞真经》等所创制的“一三九”衍化模式，是时间划分模式。
《上清大洞真经》记载：“二老在左右方，帝魂不可不分，三九变其上下，太一立其中根，五神奉我生籍，司命塞我死门，九宫合而为一，六合总而内真，世获仙书，福庆缠绵。”
身神在存思的过程中相互转化，最后混合为一。这是对身神化生过程的逆反。也就是说，这是由下往上的返回本源的模式，最后达成九宫合二为一，六合总而成真的境界。
这两种三元架构的组合模式一种是空间上的，一种是时间上的，它们是相互结合而存在的。两种三元架构的混合一方面使身神系统完整表达出来，另一方面强调了存思身神应该是同时存想多位神明（兼存诸神）才能获得最上的效果，
《大有妙经》云：“兼行帝一、太一五神、三五七九，则一神之感致易。”
同时存想帝一、太一五神、三五七九等等神明，则更容易感召、感应某一神明。
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